С нашей стороны разницы никакой, сумма останется той же. Но при оплате в отделении по квитанции банк возьмет с Вас какую-то комиссию. Что-нибудь типа "0.5% от суммы платежа, но не менее 100 рублей" (конкретные цифры зависят от банка). В принципе, там сумма небольшая получится, просто неудобно - куда-то ходить, да еще, может быть, и в очереди стоять
Ну и деньги до нас могут дойти только через 2-3 дня, а отправка заказа только по получению оплаты.
Для нас разницы нет никакой (ну разве что с наложенного платежа мы почти месяц ждем поступления денег на счет, что не очень приятно), выбирать Вам
UPD: хотя наврал... Разница для нас есть - при оплате по квитанции мы получаем полную сумму, а при оплатах онлайн-платежами платежный агрегатор удерживает из суммы оплаты около 3-4 процентов